Am Vormittag Elektrophorese-Gele aufsetzen und am Nachmittag ein Programm zur Auswertung von BLAST-Ergebnissen schreiben – so ähnlich sieht inzwischen der Arbeitsalltag nicht weniger Biologen aus. Programmierung ist eine wichtige neue Qualifikation für die Arbeit im Labor geworden, ohne die man der rasant wachsenden Menge biologischer Daten nicht mehr Herr werden könnte. Und viele Routineaufgaben ließen sich ohne Computerskripten nicht mehr effizient erledigen.

Perl ist die in der Bioinformatik am meisten verwendete Programmiersprache, unter anderem wegen ihrer Stärken bei der String-Behandlung, Mustererkennung und Textbearbeitung und beim Verbinden von Prozessen. Perl zu lernen, gestaltet sich allerdings für viele Biologen als eine echte Herausforderung, weil die Standardwerke zu Perl Informatikwissen voraussetzen und eher theoretisch sind.

Einführung in Perl für Bioinformatik ist eine praxisorientierte Programmiereinführung speziell für Biologen ohne Vorkenntnisse. Es stellt viele Perl-Programme und Techniken vor, die im Labor sofort sinnvoll eingesetzt werden können. Die einzelnen Kapitel konzentrieren sich auf jeweils ein Problem bzw. eine Gruppe von Problemen der Bioinformatik und beschreiben, wie man diese mit Perl löst. Mit vielen Programmbeispielen, Übungen und ausgearbeiteten Lösungen zeigt der Autor Schritt für Schritt, wie man mit Perl programmiert.

Einführung in Perl für Bioinformatik behandelt unter anderem:

• Grundlagen der Programmierung
• Arbeiten mit DNA-Sequenzen und Strings
• Debugging von Code
• Simulation von Genmutationen mit Hilfe von Zufallszahlengeneratoren
• Reguläre Ausdrücke und Motivsuche in Daten
• Arrays, Hashes und relationale Datenbanken
• Reguläre Ausdrücke und Restriktionskarten
• Parsen von PDB-Records, GenBank-Annotationen und BLAST-Ausgaben

Die Programmbeispiele und die Lösungen zu den Übungen in diesem Buch können Sie von unserer Website herunterladen.